（一）基本氨基酸 

    組成蛋白質(zhì)的20種氨基酸稱為基本氨基酸。它們中除脯氨酸外都是α-氨基酸，即在α-碳原子上有一個(gè)氨基。基本氨基酸都符合通式，都有單字母和三字母縮寫(xiě)符號(hào)。

    按照氨基酸的側(cè)鏈結(jié)構(gòu)，可分為三類：脂肪族氨基酸、芳香族氨基酸和雜環(huán)氨基酸。

    1.脂肪族氨基酸 共15種。

    側(cè)鏈只是烴鏈：Gly, Ala, Val, Leu, Ile后三種帶有支鏈，人體不能合成，是必需氨基酸。

    側(cè)鏈含有羥基：Ser, Thr許多蛋白酶的活性中心含有絲氨酸，它還在蛋白質(zhì)與糖類及磷酸的結(jié)合中起重要作用。

    側(cè)鏈含硫原子：Cys, 

    Met兩個(gè)半胱氨酸可通過(guò)形成二硫鍵結(jié)合成一個(gè)胱氨酸。二硫鍵對(duì)維持蛋白質(zhì)的高級(jí)結(jié)構(gòu)有重要意義。半胱氨酸也經(jīng)常出現(xiàn)在蛋白質(zhì)的活性中心里。甲硫氨酸的硫原子有時(shí)參與形成配位鍵。甲硫氨酸可作為通用甲基供體，參與多種分子的甲基化反應(yīng)。

    側(cè)鏈含有羧基：Asp（D）, Glu（E）

    側(cè)鏈含酰胺基：Asn（N）, Gln（Q）

    側(cè)鏈顯堿性：Arg（R）, Lys（K）

    2.芳香族氨基酸包括苯丙氨酸（Phe,F）和酪氨酸(Tyr,Y)兩種。 酪氨酸是合成甲狀腺素的原料。

    3.雜環(huán)氨基酸 

    包括色氨酸(Trp,W)、組氨酸(His)和脯氨酸(Pro)三種。其中的色氨酸與芳香族氨基酸都含苯環(huán)，都有紫外吸收(280nm)。所以可通過(guò)測(cè)量蛋白質(zhì)的紫外吸收來(lái)測(cè)定蛋白質(zhì)的含量。組氨酸也是堿性氨基酸，但堿性較弱，在生理?xiàng)l件下是否帶電與周圍內(nèi)環(huán)境有關(guān)。它在活性中心常起傳遞電荷的作用。組氨酸能與鐵等金屬離子配位。脯氨酸是唯一的仲氨基酸，是α-螺旋的破壞者。

    B是指Asx，即Asp或Asn；Z是指Glx，即Glu或Gln。

    基本氨基酸也可按側(cè)鏈極性分類：

    非極性氨基酸：Ala, Val, Leu, Ile, Met, Phe, Trp, Pro共八種

    極性不帶電荷：Gly, Ser, Thr, Cys, Asn, Gln, Tyr共七種

    帶正電荷：Arg, Lys, His

    帶負(fù)電荷：Asp, Glu

    （二）不常見(jiàn)的蛋白質(zhì)氨基酸

    某些蛋白質(zhì)中含有一些不常見(jiàn)的氨基酸，它們是基本氨基酸在蛋白質(zhì)合成以后經(jīng)羥化、羧化、甲基化等修飾衍生而來(lái)的。也叫稀有氨基酸或特殊氨基酸。如4-羥脯氨酸、5-羥賴氨酸、鎖鏈素等。其中羥脯氨酸和羥賴氨酸在膠原和彈性蛋白中含量較多。在甲狀腺素中還有3,5-二碘酪氨酸。

    （三）非蛋白質(zhì)氨基酸 

    自然界中還有150多種不參與構(gòu)成蛋白質(zhì)的氨基酸。它們大多是基本氨基酸的衍生物，也有一些是D-氨基酸或β、γ、δ-氨基酸。這些氨基酸中有些是重要的代謝物前體或中間產(chǎn)物，如瓜氨酸和鳥(niǎo)氨酸是合成精氨酸的中間產(chǎn)物，β-丙氨酸是遍多酸（泛酸，輔酶A前體）的前體，γ-氨基丁酸是傳遞神經(jīng)沖動(dòng)的化學(xué)介質(zhì)