很多化學(xué)反應(yīng)和方法被開發(fā)來合成多肽鏈，經(jīng)典的方法有：液相多肽合成(LPPS)，反應(yīng)在溶液中進(jìn)行，使用被保護(hù)的氨基酸，每一次偶聯(lián)和去保護(hù)后需要從溶液中分離。

固相多肽合成(SPPS)在不能溶解的聚脂上合成多肽鏈，從而簡化了合成過程。每一次去保護(hù)后被保護(hù)的氨基酸被一個一個的添加到樹脂上不需要中間的分離步驟。在樹脂上合成了需要的長度后，將多肽切割下來并通過色譜層析純化。對于生產(chǎn)特定的多肽也有可能混合使用液相合成和固相合成這兩種方法。

顯而易見的是，對于高純度藥物應(yīng)用短鏈多肽(<15個氨基酸)用液相合成更經(jīng)濟，所以通常用液相多肽合成的方法大規(guī)模的合成這種多肽。盡管液相多肽合成需要很多步驟，液相比固相多肽合成技術(shù)能夠更經(jīng)濟的生產(chǎn)產(chǎn)品規(guī)模比較大的多肽。然而由于工藝的復(fù)雜性，液相合成并不是長肽的可行性選擇。

在過去十年，固相合成成為大多數(shù)多肽的首選。有兩種方法：Boc法和Fmoc法，后者由于其工藝簡單以及可避免氟化氫的毒害而越來越流行。

在多肽合成中運用正交保護(hù)基團(tuán)為固相多肽合成技術(shù)開發(fā)了合成復(fù)雜多肽的新方法。固相多肽合成可以使用不同類型的聚苯乙烯基料樹脂，最常用的是Wang樹脂、氯代二苯基甲烷(2-Chlorotrityl chloride)、Rink amide樹脂和菲爾德樹脂。Fmoc-保護(hù)氨基酸廣泛應(yīng)用于商業(yè)合成。

可以結(jié)合固相合成和液相合成的方法合成長的復(fù)雜的多肽。例如，通過液相合成合成一些短的片段，然后將它們連接到固相樹脂上形成更長的肽。另外一種情況則是，多肽片段可以在固相樹脂上合成，然后從樹脂上切割下被保護(hù)的多肽片段，最后在液相中連接各個受保護(hù)片段。