2016年1月27日，中國工程院的《中國食品安全現(xiàn)狀、問題及對(duì)策戰(zhàn)略研究》分析了我國食品安全存在以下四大問題：
　　1、 病原微生物防控是食品安全的剛性需求。
　　2009-2013年，衛(wèi)計(jì)委網(wǎng)絡(luò)直報(bào)系統(tǒng)共收到食源性疾病暴發(fā)時(shí)間1244起，累計(jì)中毒人數(shù)38958人，749人死亡，其中微生物和生物毒素引發(fā)的食源性疾病暴發(fā)事件數(shù)、患者和死亡人數(shù)分別占72%、76%、66%。上述數(shù)據(jù)說明，病原微生物防控是食品安全的剛性需求。
　　2、 農(nóng)藥獸藥濫用仍然是當(dāng)前我國食品安全源頭污染的主要來源。
　　2012—2015年，全國31個(gè)省會(huì)城市直轄市對(duì)蔬果農(nóng)藥殘留運(yùn)用液相色譜質(zhì)譜分析的檢測結(jié)果顯示，檢出率38.2%—88%，檢出頻次達(dá)到25447次。上述數(shù)據(jù)說明，我國在農(nóng)獸藥殘留的應(yīng)用上仍然處于無序狀態(tài)，由此也造成了食品安全環(huán)境源頭的污染。
　　3、 重金屬、真菌毒素污染物成為糧食安全的長期隱患。
　　糧食重金屬的污染主要是鎘、砷、鉛、汞。從糧食部門檢測的情況看，總超標(biāo)率已經(jīng)達(dá)到了9%以上。從地區(qū)來看，重金屬超標(biāo)率比較高的是南方和西南方的糧食產(chǎn)區(qū)。這與土壤中金屬的污染相一致。由此說明，這些地緣污染與環(huán)境重金屬的污染密切相關(guān)。在真菌毒素方面，聯(lián)合國糧農(nóng)組織統(tǒng)計(jì)，全球每年有25%的糧食受到真菌毒素的污染，每年糧食及產(chǎn)品損失達(dá)到10億噸。據(jù)統(tǒng)計(jì)，我國每年有3100多萬公噸的糧食在生產(chǎn)、儲(chǔ)存、運(yùn)輸、銷售過程中受到真菌毒素污染，約占糧食年總產(chǎn)量的6.2%。如有采取科學(xué)的農(nóng)產(chǎn)品真菌毒素防護(hù)措施，中國每年能減少約850多億元損失。
　　4、 非法添加和摻雜使假仍然是我國現(xiàn)階段突出的食品安全問題。