多肽結(jié)構(gòu)研究的主要目的是要說明其氨基酸組成和序列是否正確。多肽分子中如有半胱氨酸，應(yīng)明確其狀態(tài)（氧化態(tài)或還原態(tài)），對(duì)含有多個(gè)半胱氨酸的多肽，應(yīng)明確二硫鍵的正確連接位點(diǎn)。對(duì)于某些長肽，可能還需要采用核磁共振、園二色譜等方法對(duì)其空間結(jié)構(gòu)（例如二級(jí)、三級(jí)結(jié)構(gòu)）進(jìn)行研究。
      對(duì)于短肽，采用元素分析、紅外光譜、核磁共振譜、氨基酸組成分析、質(zhì)譜等常見方法，有時(shí)就足以說明其結(jié)構(gòu)特征。如果上述測(cè)試取得的信息難以進(jìn)行合理解析和歸屬，應(yīng)進(jìn)行氨基酸序列測(cè)定。
      對(duì)于中、長肽應(yīng)進(jìn)行氨基酸組成和氨基酸序列分析。闡明氨基酸序列的通用方法是Edman降解，這種方法是測(cè)定N端氨基酸的一種化學(xué)方法；基于多種技術(shù)的質(zhì)譜，如快原子轟擊、電噴霧、場(chǎng)解析和激光解析質(zhì)譜，可提供多肽的分子量及其序列信息，是對(duì)Edman降解的很好補(bǔ)充。
      中、長肽的結(jié)構(gòu)研究中，盡管紫外光譜、紅外光譜、核磁共振譜等能夠提供的可供分析的信息有限，但在一些情況下，上述研究還應(yīng)考慮進(jìn)行。例如，在可獲得結(jié)構(gòu)確證對(duì)照品時(shí)，進(jìn)行上述譜圖的對(duì)比測(cè)定，對(duì)于說明所研制產(chǎn)品的結(jié)構(gòu)有重要意義；對(duì)于全新結(jié)構(gòu)的多肽，進(jìn)行上述研究，也可為說明多肽結(jié)構(gòu)提供輔助信息，并為質(zhì)量研究和質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)的制訂提供信息。
     對(duì)于含有20個(gè)以上氨基酸殘基的多肽，如不能直接確定其序列，可根據(jù)多肽分子量大小及氨基酸組成特點(diǎn)，使用專一性較強(qiáng)的蛋白水解酶（一般為肽鏈內(nèi)切酶）將多肽裂解成小片段，再分析各小片段的序列。
    當(dāng)多肽中含有非天然氨基酸及氨基酸衍生物時(shí)，結(jié)構(gòu)研究中應(yīng)予以證明。此時(shí)，應(yīng)在相應(yīng)的研究中，考察這些非天然氨基酸及氨基酸衍生物的色譜行為。