從氨基酸的側鏈結構看，可以分為三大類：不含極性側鏈的中性殘基、含側鏈羧基的酸性殘基及含氨基、胍基或咪唑環(huán)的堿性殘基。他們各自的酸堿性與其等電點相關

當肽鏈中含有的Asp及Glu殘基數(shù)多于Lys、Arg及His的殘基數(shù)時，該肽為酸性肽。反之為堿性肽。尤其是分子量很大的多肽化合物酸堿性的存在不但直接影響其水溶性及分離純化的條件（如等電點沉淀法、電泳法等），而且存在由離子鍵介導的三級結構，因而對其生物活性也產(chǎn)生影響。